Diawali dari Kerinduan dan Pergumulan dari Para Pendiri dan Pimpinan Gereja Bethany Nusantara, sejumlah 103 (Seratus Tiga) Pendeta Senior yang memimpin 103 Gereja diseluruh Indonesia untuk mendewasakan Gereja dan pelayanan yang telah dilayani selama puluhan Tahun, di sinode yang lama. Serta adanya Keputusan Pemerintah Republik Indonesia memindahkan ibukota negara di Kalimantan Timur yang meliputi Penajam, Balikpapan, Samarinda, Tenggarong dan sekitarnya menjadi Ibukota Nusantara (IKN) maka Para Pimpinan Gereja tersebut mengadakan Pertemuan Rapat Kerja Nasional dengan doa dan puasa serta visi mengembangkan pelayanan bagi Gereja Tuhan sebagai Tubuh Kristus dengan Tri Tugas Gereja diseluruh Indonesia dan Bangsa-bangsa, maka disepakati untuk melakukan pendewasaan Gereja tersebut. Dengan adanya keputusan tersebut perwakilan para pemimpin gereja Bethany Nusantara, dalam hal ini diwakili oleh Bapak Pdt. DR. Samuel Kusuma, M.Th, menghadap dan melakukan konsultasi dengan Ibu Dirjen Bimas Kristen Kementerian Agama RI (Dr.Jeane Marie Tulung, S.Th, M.Pd) di Jakarta, pada tgl 15 Juni 2023, diterima mulai Pukul 15.00 – 16.15 Wib dikantor Dirjen Bimas Kristen Kemenag RI di Jakarta. Hasil dari konsultasi tersebut Ibu Dirjen Bimas Kriseten Kemenag memberikan restu untuk mengajukan permohonan pendirian Sinode Gereja Bethany Nusantara, dengan catatan melengkapi persyaratan yang ditentukan.
Selanjutnya berdasarkan hal tersebut perwakilan GEREJA BETHANY NUSANTARA menyampaikan kepada para pemimpin gereja lokal hasil pertemuan dengan Ibu Dirjen Bimas Kristen dan dalam pertemuan tersebut disepakati untuk mengajukan permohonan pendirian Sinode Gereja Bethany Nusantara. Maka pada keesokan harinya Tgl 16 Juni 2023 dihadapan Notaris Cathy Megawe dibuatlah akta pendirian yang merupakan Badan Hukum Sinode Gereja Bethany Nusantara, dengan Akta Notaris Nomor 04 Tanggal 16 Juni 2023.
Adapun Para pendiri Sinode Gereja Bethany Nusantara : Ketua Pdt Yudiasyah Yosal, Sekertaris : Pdt Dr Njoo Fonny Yulianti M.Pd dengan anggota: Pastor Marcel Kanon (New Zealand), Pdt Inggawati Wibowo,S,Th. S.Pd (Jawa Timur) Pdt Dr Samuel Kusuma,M.Th (Kalimantan Timur) Pdt Dr Eri Sanistiara, M.Th (Kalimantan Barat), Pdt.Edison Laoly (Jakarta), Pdt Dr Yuli Suprianto, M.Th (Tarakan Kalimantan Utara), Pdt DR Filipus Edy. Pdt Yason Sudarmanto, M.Th (Surabaya), Pdt. Antonius Surbakti M,Th (Medan), Pdt.Yonathan Bambang, M.Th (Jawa Tengah), Pdt. Ronald Waromy (Papua), Pdt Atriadi Usman (Sulawesi Tengah), Pdt. Robert (Papua Barat). Dan para pendeta lainnya.
Pendirian Pendewasaan Sinode Gereja Bethany Nusantara dengan dasar Firman Tuhan: I Korintus 13:13 “Demikianlah Tinggal Ketiga Hal ini Iman, Pengharapan dan Kasih dan paling besar diantarnya ialah: “KASIH”, Maka Sinode Gereja Bethany Nusantara mempunyai Moto : “Keluarga Bethany Nusantara” (Bethany Nusantara Families) yang diikat oleh Satu Keluarga Kristus yang Hidup dalam KASIH KRISTUS YESUS TUHAN, dalam Keluarga yang melaksanakan Amanat Agung Kristus Yesus. (Matius 28:19-20).